Агентство «Туркмендениздеряёллары» было создано 5 августа 1992 года Постановлением Президента Туркменистана № 820. С момента своего создания агентство проводит государственную политику в сфере водного транспорта и действует в качестве государственного органа управления коммерческим судоходством на территории Туркменистана.

Основными направлениями деятельности агентства было также развитие морского и речного транспорта как основного сектора экономики страны, транспортировка различных типов грузов по морю, мониторинг безопасности морского и речного флотов, портов, портовых пунктов, причалов, а также мореплавания судов, плавающих под Государственным флагом Туркменистана.