“Türkmendeňizderýaýollary” agentligi 1992-nji ýylyň 5-nji awgustynda Türkmenistanyň Prezidentiniň 820 belgili karary bilen döredilýär. Agentlik döredileninden bäri Türkmenistanyň çäklerinde suw ulaglarynda döwlet syýasatyny amala aşyrýan hem-de söwda deňiz gatnawy ugrundaky döwlet dolandyryjy edara hökmünde hereket edip geldi.

Şeýle-de, Agentlik esasy alyp barýan ugurlary ýurduň ykdysadyýetiniň pudagy hökmünde deňiz we derýa ulaglaryny ösdürmek, dürli görnüşli ýükleri deňiz arkaly daşamak, deňiz we derýa flotuny, portlaryny, port nokatlaryny, gämi duralgalaryny hem-de Türkmenistanyň baýdagynyň astynda ýüzýän gämileriň ýüzüşiniň howpsuzlygyna gözegçilik etmek ýaly işleri amala aşyrmakdan ybarat bolup durdy.