Развитие морского и речного транспорта в качестве отрасли экономики страны, используя достижении в области науки и техники, перевозка груза, относящегося к отрасли экономики, посредством морских и речных плаваний, проведение государственной политики в области расширения торгово-экономического сотрудничества Туркменистана с иностранными государствами по предоставляемым населению услугам.

Также, проведением комплексного преобразования морского и речного флота, морских и речных портов, портовых пунктов, причалов, судостроительных и судоремонтных предприятий, поддержание навигационных каналов и морских судоходных путей в соответствии с международными стандартами.

Внедрение в производство новейших технологий и достижений в области науки и техники, осуществление работы по обеспечению безопасности плаваний, разработка и реализация проекта программы комплексных инвестиций.

Осуществляет государственный контроль за использованием, а также техническим состоянием судов, причалов и портов предприятий морского и речного транспорта. Контролирует соблюдение международных соглашений о торговом мореплавании Туркменистана и законодательства Туркменистана о торговом мореплавании.

Осуществление государственного надзора за соблюдением требований норм и правил, касающихся мореплавания, в принадлежащей Туркменистану части Каспийского моря, норм, касающихся судоходства по внутренним водным путям, а также требований международных договоров Туркменистана.

Оформляет суда, плавающих под Государственным флагом Туркменистана, в соответствии с требованиями Кодекса торгового мореплавания Туркменистана.